嘉南藥理大學五專設有：環境工程與科學科、職業安全衛生科、食品科技科、食藥產業暨檢測科技科等4科，各招收1班(各45個名額)、共計4班(合計180個名額)，對接食藥安全及環保職安之國家產業政策。歡迎報名五專優免同學，填入五專優先免試入學之優先志願。
二、享有大學等級校園環境、軟硬體設備及教授師資，並且特別提供第一學年助學金，包括：住宿生獎助金為3萬4,000 元整(相當免費住宿)，非住宿生則為 1萬元整，另備有交通車及致贈制服一套。